معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه علوم پزشکی اراک تلاش می نماید رسالت خود را با همکاری و همیاری پژوهشگران، اعضای هیأت علمی، دانشجویان و فناوران در راستای تولید علم و گسترش فرهنگ تحقیقات جامعه محور و تولید محور تدوین و جایگاه مناسب در منطقه و کشور بدست آورد. به همین منظوررسالت خود را خود را بر اساس نیل به اهداف ذیل تدوین نموده و پیگیری می نماید: 
۱- تدوین سیاست ها، خط مشی ها و برنامه های پژوهشی و فناوری سالانه دانشگاه
۲- تدوین و ابلاغ اولویت های پژوهشی  ، برنامه ها، آئین نامه ها، ضوابط و دستورالعمل های پژوهشی و فناوری به واحدهای ذیربط
3- راه اندازی برج پژوهش 
4- راه اندازی مراکز رشد سلامت محور 
5- راه اندازی آزمایشگاه های جامع تحقیقات
6- تبدیل موافقت اصولی مرکز تحقیقات طب سنتی به موافقت قطعی 
7- راه اندازی مرکز تحقیقات آلاینده های محیطی و صنعتی 
8-راه اندازی حیوان خانه براساس استانداردها
9-توسعه کتابخانه مرکزی و بهسازی آن 
10- بهسازی کتابخانه های اقماری معاونت تحقیقات در بیمارستان های آموزشی تابعه