شورای پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی اراک به عنوان عالی ترین سطح تصمیم گیری در مورد مصوبات پژوهشی با هدف سیاست گذاری در امور پژوهشی به صورت منظم و با حضور اعضای هیات علمی، روسای مراکز تحقیقاتی و روسای پایگاه های تحقیقات بالینی برگزار می گردد.