نظام پژوهش سلامت (HSR)، نظام برنامه‌ریزی، هماهنگی، پایش و مدیریت منابع و فعالیت‌های پژوهش سلامت به منظور دستیابی به سلامت توام با عدالت است. این نظام در مقایسه با پژوهش های دانشگاهی که به منظور تولید علم و ارتقای علمی پژوهش گران فعالیت می کنند، متفاوت است. نظام پژوهش سلامت با استفاده از اهرم پژوهش، در جهت حل مشکلات و ارتقای سلامت کشور قدم بر می‌دارد.

تحقیقات علوم پزشکی، فرایندی برای تولید دانش نظام یافته و آزمون فرضیه‌ها در حیطه علوم پزشکی، علوم طبیعی، علوم رفتاری و اجتماعی است. اطلاعات ناشی از این فرایند، می تواند به منظور ارتقای سلامت فرد یا جامعه مورد استفاده قرار گیرد.

شورای سیاستگذاری پژوهش در نظام سلامت دانشگاه علوم پزشکی اراک در سال 1382 تشکیل و با هدف سیاستگذاری و هدایت پژوهش ها در جهت  ارتقاء سطح سلامت جامعه و برقراری عدالت درخدمات سلامت شروع به کار نمود.

شورای پژوهشی دانشگاه اختیار تصویب طرح های HSR   را تا سقف بودجه 50000000 ریال به این شورا تفویض اختیار نموده است. سایر طرح ها پس از تصویب در شورای HSR جهت تصویب نهایی به شورای پژوهشی ارسال می گردند.